Thời Hậu Kim, thiết lập Ba Nha Lạt doanh (巴牙喇營), thống lĩnh là [Ba Nha Lạt Đạo chương kinh; 巴牙喇纛章京]. Năm Thuận Trị thứ 17 (1660), chính thức dùng tên Hán, gọi là hệ thống Hộ quân Thống lĩnh.

Đứng đầu Hộ quân là [Hộ quân Thống lĩnh; 護軍統領], hàm Chính nhị phẩm, mỗi Kỳ lấy 1 người, tổng 8 người. Phó tướng là Tham lĩnh (參領), hàm Chính tam phẩm, và Phó Tham lĩnh (副參領), hàm Chính tứ phẩm (ban đầu là Chính ngũ phẩm, thời Ung Chính nâng lên); đều hơn 100 người, trong đó Mãn Châu có 80 người và Mông Cổ có 32 người. Chức Hộ quân giáo (護軍校), hàm Chính lục phẩm, có 885 người; trong đó Mãn Châu có 681 người, còn Mông Cổ có 204 người.

Theo biến chế, các Hộ quân thuộc Thượng tam kỳ sẽ thủ cửa của Tử Cấm Thành, còn thuộc Hạ ngũ kỳ sẽ trấn thủ cửa phủ các Vương công.